ومن أهم إنجازات الإمام الباقر (عليه السلام) تأسيسه للمدرسة الفقهية الشيعية بسبب ضعف الحكم الأموي نتيجة كثرة الثورات ضده مما سمح للإمام (عليه السلام) أن ينشر علوم الإسلام، وأن يؤثر في العديد من الرواة الذين اعتقدوا بإمامته كآل أعين ومن أبرزهم زرارة بن أعين الذي نقل عنه أحاديث كثيرة ونقل بعدها عن ابنه الإمام الصادق (عليه السلام).