نشأ الصراع الفكري حول خلافة أميرالمؤمنين عليه السلام و استحقاقه لها منذ عهد الصحابة ، ثم تطوّر هذا الصراع الفكري حيث كان الواجهة النظرية للصراع السياسي ، فسرعان ما تطوّر إلى صراع دموي و ملاحقة لشيعة علي عليه السلام و محبيه بالقتل والإبادة ، و ذلك منذ عهد معاوية و الحكم الاُموي حتى القرن الخامس و العهد السلجوقي.